多发性硬化(multiplesclerosis}MS)的致病基因尚未确定，但已明确人类白细胞抗原(humanleucooyteantigen，HLA)的有关基因和MS易感性有关。
从基因组图谱中获得的结果表明，MS易感基因很复杂，没有哪一个基因能单独促进MS的家族危险性。北欧人群MS可能与HLA玒类基因DR2相关，地中海地区人群MS可能与DR3.DR4相关，亚洲人群MS则可能与DPB相关。其他非HLA基因，特别是HLA基因邻近位置的基因和MS易感性的关系目前逐渐成为研究热点。
染色体～24是最有可能的非HLA易感区，也有研究发现染色体1?p11与MS关联的证据，对高加索患者线粒体基因研究发现线粒体基因K·与J。单倍体与MS显著相关，表现出中度易感效应，但对MS的临床表病因、病理及相关基础理论现无影响、CTLA-4因在丁细胞激活过程中起重要作用而被认为是自身免疫性疾病的一个可能候选基因。有许多关于CTLA-4与MS易感性相关性的研究，但研究结果多不一致。
如挪威与瑞典研究表明CTLA-4外显子1A/G多态性与MS有相关性，而丹麦研究则表明CTLA-4外显子1A/G多态性与MS无相关性，但提示CTLA-4与HLADR2的相互作用可能对某些人种(如亚洲人种)的MS易感性有影响。
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