上海市中医文献馆中医门诊部（以下简称门诊部）成立于20世纪60年代中期，“发挥中医特色、全心全意为患者服务”是门诊部的宗旨。
早在门诊部开设之时，就汇聚了姜春华、董廷瑶、裘沛然、颜德馨、陈苏生、钱伯文、陆德铭、张友琴等著名老中医，为许多患者解除了病痛，治疗了不少疑难杂症。门诊部是本市目前完全使用传统中医药诊疗技术为治疗手段的中医医疗机构，在本市和全国乃至海外都享有较高声誉。
作为研究继承整理发掘名老中医宝贵临床经验平台的门诊部，旨在弘扬名老中医的学术经验和传统特色。为传承老中医学术经验、解决病家看名医难的矛盾，门诊部发挥了积极作用，于年被纳入上海市医保定点医疗机构，年又增设了特需门诊。
中医门诊部现有全国名中医朱南孙、王翘楚、张云鹏、严世芸等近60位临床经验丰富、医德高尚的中医专家，开设心脑血管疾病、肝胆疾病、妇儿科、失眠、针灸、骨伤、肿瘤等特色专科门诊。
中医门诊部专科专病特色
妇科病
特色：汇聚上海朱氏妇科、蔡氏妇科学术继承人，对经、带、胎、产等妇科疑难病症疗效显著。
失眠症
特色：中医药治疗各种类型失眠症、抑郁症、焦虑症和戒除镇静催眠类西药（安眠药）的依赖。
肝胆病
特色：抗病毒、防纤维化治疗慢性肝炎；多向调节法治疗脂肪肝；清胆、利胆、通络攻下法治疗胆道疾病。
心血管病
特色：倡导调治心病、重在气血、兼顾五脏、整体平衡的学术思想，治疗各类心血管病症。
男性病
特色：采用动静结合，调节精气，清热通淋等方法，治疗精液异常、性功能障碍、慢性前列腺炎等疾病。
肿瘤
特色：中医药对各种类型肿瘤的手术后调理，抗复发，防转移。
皮肤病
特色：采用清热、凉血、祛湿、排毒等方法，治疗痤疮、粉刺、色斑、牛皮癣等各种皮肤疾病。
肾脏病
特色：从整体出发，调整邪正盛衰，控制炎症，消除血尿、蛋白尿，保护肾脏功能。
眼底病
特色：针刺与药物穴位敷贴相结合，治疗各种眼底疾病。
儿科病
特色：由董氏儿科学术继承人主诊，运用“宣肺达邪”、“调摄脾胃”等法则，治疗各类小儿疾病。
胃肠病
特色：升清降浊，标本兼治，益中州，调脾胃，治疗各类消化道疾病。
血液病
特色：以扶正固本为治则，治疗白细胞、血小板减少症、贫血等血液系统疾病。
肛肠病
特色：采用内服与外治相结合方法，具有手术创面小、疗程短、见效快、花费少等优势。
骨伤科病
特色：针灸、推拿与中药内服相结合，疏通气血经络，治疗颈椎病、腰突症等各类骨伤科疾病。
肺系疾病
特色：运用驱邪固本、补气益津等法则，治疗老慢支、肺气肿、肺纤维变等疑难病症。
内分泌疾病
特色：升提元气、软坚散结、调节微循环治疗糖尿病、甲亢等内分泌疾病。
免疫性疾病
特色：强调突出整体，标本兼顾，治疗白塞氏综合征、类风关、红斑狼疮、反复口腔溃疡等病症。
脑及运动神经元病
特色：采用健脾、补肝、益肾等方法，治疗中风、帕金森病、多发性硬化、格林-巴利综合症等疾病。
中医脐疗
特色：中药敷脐，温通任督两脉气血经络；内病外治，治疗腹泻、便秘、遗精、阳萎、不孕、不育等疑难病症。
头皮针疗法
特色：由林氏头皮针疗法学术继承人主诊，治疗小儿脑瘫、自闭症、中风后遗症、共济失调等各种脑源性疾病。
割治疗法
特色：是濒临失传的中医传统疗法，对小儿疳积、慢性咳嗽、哮喘、成人慢性胃病等有独特疗效。
小针刀疗法
特色：通过对特定穴位的气血疏通，快速解除或减轻骨、关节疼痛、功能障碍及其它不适症状。
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