1.慢性缺血性疾病
（1）动脉循环性疾病主要由于动脉粥样硬化引起的各个器官的疾病。
（2）脑动脉粥样硬化引起的缺血性脑病：TIA、脑梗塞、脑栓塞。
（3）心脏粥样硬化引起的缺血性心脏病：冠心病、心绞痛、心梗、心肌供血不足等。
（4）外周动脉粥样硬化引起的缺血性外周血管疾病：下肢动脉硬化闭锁症、血管性间歇性跛行等。
（5）肾动脉粥样硬化引起的缺血性肾脏疾病：继发性高血压、肾功能减退。
（6）肠系膜动脉粥样硬化引起的：肠道功能减退继发的各种疾病。
2.急、慢性感染性疾病
对于抗生素或化疗耐药细菌、病毒、真菌。甚至寄生虫感染，如：梨形鞭毛虫病、隐孢子虫病，在古巴医生用臭氧油进行治疗。
3.紧急情况，如在大面积创伤、烧伤、急性腹膜炎、毒血症之后造成的多器官功能衰竭和死亡。联合最好的传统治疗和一天3至4次的臭氧大自体血疗法可以避免或降低代谢损伤的恶化，降低死亡率。另外，等待器官的病人可以在手术前在6至15天之间进行6至8次的臭氧大/小自体血疗法可以提高对于感染的抵抗力和改善免疫抑制（因为麻醉或外科手术）。同时可以减低器官移植后的缺血再灌流损伤。其他的一般手术也可以将臭氧治疗作为手术前的准备型治疗。
4.骨髓炎、脓胸、腹膜炎、脓疮、褥疮、慢性溃疡、糖尿病足、烧伤、感染性伤口、念珠菌病、甲癣，以上疾病经常伴有抗生素耐药细菌。
5.疱疹病毒感染（HHVI和II）、带状疱疹、乳头瘤病毒感染。使用肌肉内注射的小自体血臭氧疗法，作为一种字体疫苗，同时结合臭氧油的局部应用对于预防疱疹的复发非常有作用。这种方法，特别是当联合使用阿昔洛维时，可以治愈绝大部分的疱疹感染病人。同时对于减低带状疱疹感染和感染之后的神经痛也有非常好的效果。
6.慢性肝炎
7.自身免疫性疾病（多发性硬化、类风湿性关节炎、克隆病）。自体血疗法是非常令人鼓舞的。
8.退行性疾病。自体血疗法可以改善老年性痴呆早期的患者。
9.肺部疾病（肺气肿、哮喘、COPD、急性呼吸窘迫综合征）。
10.对于COPD的治疗原理如下：A、血液回输，脂质氧化物可以作用内皮细胞表面，提高前列腺环素和NO的释放，而内皮缩血管肽I的释放被抑制。NO和亚硝基硫醇的释放促进血管舒张，而阴离子超氧化物的释放会造成血管紧缩，并且对血小板和内皮细胞产生负面影响；B、缺血组织氧输送的增强、抗氧化酶的加强、血红素加氧酶I中和慢性氧化应激。C、对于免疫系统刺激可以控制慢性肺部感染。通过臭氧治疗COPD可以达到良好的效果，包括改善呼吸系数和步行试验。
11.晚期肾病被慢性氧化应激加重，不能被传统药物控制，臭氧治疗稳定严重的功能障碍，提高病人的生活治疗。
12.臭氧自体血回输疗法联合臭氧油的局部应用被证明对于代谢综合征非常有效，比如2型糖尿病患者的难治性慢性溃疡。
13.皮肤病（牛皮癣、异位性皮炎）。
14.化疗药耐药的转移癌、癌性疲劳。通过臭氧治疗可以提高病人的生活质量，但是不可以阻断癌症的发展。另一方面，外科手术之后臭氧治疗非常有效，不仅可以通过诱导抗氧化反应强化细胞毒药物的作用，而且可以降低化疗药的毒性。
15.慢性疲劳综合征和纤纬肌痛。自体血疗法已经被发现对于大多数的病人有效。
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