供稿：华银高通量检测事业部
16SrDNA测序16SrDNA测序是利用高通量测序技术对样品微生物的16SrDNA扩增产物的片段进行测序，能够对特定条件下细菌种类和丰度进行有效的鉴定。16SrDNA指细菌基因组中编码核糖体16SrRNA分子对应的DNA序列。16S序列由9个高变区组成，中间是保守区，是最常用的细菌分类标准。通过提取环境样品的DNA，扩增其中16SrDNA基因，可以鉴定绝大多数细菌。基于IlluminaMiSeq平台的16SrDNA测序可以一次性完成多个样本的平行测序，可以进行样品中细菌多样性、物种丰度、种群结构和系统进化等诸多信息分析。
18SrDNA测序是利用高通量测序技术对真核生物的18SrDNA扩增产物的片段进行测序。18SrDNA是编码真核生物核糖体小亚基rRNA（18SrRNA）的DNA序列，约bp，序列中既有保守区又有可变区，由于18SrDNA在进化速率上比较保守，因此在系统发育研究中较适用于科级及以上水平的分类。
ITS测序是利用高通量测序技术对真核生物的内转录间隔区（ITS）扩增产物的片段进行测序。在真核生物中，18SrDNA和28SrDNA基因间隔序列称为内转录间隔区（ITS），位于18S和5.8S的为ITS1区，位于5.8S和28S之间的为ITS2区。ITS由于不需要加入成熟核糖体，因此在进化过程中能够承受更多的变异，其进化速率为18SrDNA的10倍，属于中度保守的区域，可以根据它将真菌归类到种或亚种水平。利用高通量测序技术对环境的真菌ITS区扩增产物的片段进行测序。并与真菌数据库进行序列比对，从而分析微环境中真菌的多样性和丰度情况。
案例分析案例一
多发性硬化病与肠道微生物组的关系
肠道微生物对于免疫系统的功能发挥着重要的意义，同时与多种自身免疫疾病相关。BethIsrealDeaconess医疗中心的人员使用Miseq和测序仪，通过对60例MS（多发性硬化疾病）患者和43例健康人进行肠道16SrRNA测序并分析，发现MS患者的肠道中Methanobrevibacter和Akkermansia两种菌丰度增高，同时还伴有Butyricimonas的丰度降低。接受治疗后，患者肠道中Prevotella和Sutterella的丰度有所上升，Sarcina有所降低。提示了肠道微生物的菌种改变有助于发现MS起病原因。
图1.MS患者和健康人肠道微生物的差异分析
案例二
比较不同淡水环境中NC10门种类CandidatusMethylomirabilisoxyfera细菌的群体组成
造成甲烷氧化耦合得到亚硝酸盐含量减少的原因是CandidatusMethylomirabilisoxyfera（M.oxyfera），这是一种属于NC10门的细菌。本研究通过使用illumina测试平台的16SrRNA基因测序技术，对四种不同的淡水环境中生存的NC10门类M.oxyfera的菌落组成和多样性进行测序和比较分析，即水库沉积物（Reservoirsediments，RS），水池沉积物（Pondsediments，PS），湿地沉积物（Wetlandsediments，WS）和稻田土壤（Paddysoils，PAS）。在四组环境中，得到的16srRNA测序结果中0.4-2.5%与NC10有关，WS组最多。NC10细菌的多样性最高在RS组，其次是WS组，在PS组合PAS组中最低。检测得到的OTUs（operationaltaxonomicunit；3%过滤后）数目是：RS组97,PS组46,WS组61和PAS组40。这个结果对系统性了解不同种类的淡水环境中的NC10菌门具有很大帮助。
图2.测试的淡水环境中NC10门细菌16SrRNA基因序列分析系统发育树
图3.四种淡水环境中特有的和共享的OTUs
如需了解更多有关高通量测序相关信息，欢迎拨打华银高通量检测事业部-
相关参考文献[1]JangiS,GandhiR,CoxLMetal.Alterationsofthehumangutmicrobiomeinmultiplesclerosis[J].NatureCommunication.,.
[2]RankinLC,Girard-MadouxMJH,SeilletCetal.ComplementarityandredundancyofIL-22-producinginnatelymphoidcells[J].NatureImmunology.,17,–.
[3]SpringS,BunkB,Spr?erCetal.CharacterizationofthefirstculturedrepresentativeofVerru北京白癜风去哪治疗好白淀风
转载请注明：http://www.ebsaw.com/jbzd/4258.html
